Trzy pustynie to książka, która powstała na kanwie rozmów autystycznego chłopca – Michała, z jego ojcem. Rozmów bez słów, gdyż Michał nie mówi, ale porozumiewa się, pisząc na komputerze. Jest to opowiadanie autysty, który opisuje autyzm nie jako chorobę, lecz jako pewien stan umysłu, który pozwala mu dostrzec to, czego człowiek XXI wieku już nie zauważa.

Michał prowadzi Czytelnika przez symboliczne trzy pustynie. Na pierwszej z nich, którą nazywa pustynią braku komunikacji i zrozumienia, przedstawia, jak wyglądał u niego proces nawiązania komunikacji z innymi ludźmi i jak istotną rolę w postrzeganiu rzeczywistości oraz w całym jego życiu odgrywa zdolność do podświadomego odczuwania tego, czego nie widać, ale co się czuje. W tej części opowiadania ojciec jest narratorem, opisującym okoliczności powstawania poszczególnych tekstów, które z rzadka opatruje własnym komentarzem.

W podróży przez drugą pustynię Michał konfrontuje to, co daje mu nabywana wiedza, z wiarą w Boga, którego nazywa tu po raz pierwszy Panem Sumienia. Wiarą pojmowaną jako głębokie i bardzo namacalne odczucie, iż życie każdej żywej istoty jest cudem, którego większość ludzi nie docenia. Podkreśla przy tym, jak szeroko pojmować należy miłość, którą utożsamia z Bogiem. W tej części opowiadania role pomiędzy ojcem i synem odwracają się i od tego momentu przewodnikiem w podróży przez pustynie „wiary i rozumu” staje się Michał.

Wreszcie trzecia „pustynia ciemności” to wywiad z autystą, który wyjaśnia, czym w jego pojęciu jest autyzm. To zbiór krótkich opowiadań Michała napisanych wierszem lub prozą, w których za każdym razem zawarte jest jakieś przesłanie, spostrzeżenie lub morał. Wreszcie, to jego oryginalna modlitwa i interpretacja niektórych przypowieści zaczerpniętych z Nowego Testamentu.

Myliłby się ten, kto szukałby w tej powieści informacji naukowych. Nie ma w niej bowiem żadnych analiz, systematycznych obserwacji, żadnego warsztatu naukowego. Nie jest to w żadnym przypadku książka podróżnicza, chociaż tytuł mógłby tak sugerować. Nie jest to również pamiętnik, ani wywiad rzeka. Zamieszczone w niej teksty, poza pojedynczymi rozdziałami, nie są przytaczane w porządku chronologicznym, lecz zebrane tematycznie. Czy jest to zatem powieść religijna? Na pewno poczucie obecności Boga, jako Kogoś bardzo rzeczywistego i odczuwalnego, przewija się w wielu fragmentach. Można ją jednak odbierać również tak, że jest ona opisem innego niż ten, do którego przywykliśmy, sposobu patrzenia na świat i żyjących w nim ludzi. Sposobu opartego na miłości i tym, co się czuje, nie zaś na tym, co się widzi.