Na warszawskiej giełdzie samochodowej, w bagażniku porzuconego auta, policja odnajduje ciało kilkuletniego chłopca. Komisarz Adam Chrust, funkcjonariusz naznaczony własną tragedią sprzed lat, zostaje wciągnięty w śledztwo, które okazuje się znacznie większe i bardziej przerażające niż wszystko, z czym dotychczas miał do czynienia.

Kolejne tropy prowadzą do rozległej i brutalnej siatki przestępczej. Dochodzenie szybko przeradza się w obsesję. Adam wie, że nie może pozwolić, by kolejne dziecko zniknęło na zawsze. Każdy krok przybliża go do prawdy, ale także wystawia na śmiertelne niebezpieczeństwo. Okazuje się, że niepojęte zło, z którym walczy komisarz, jest rozproszone i odradza się na nowo jak hydra.

Cisza w bagażniku to mroczna, poruszająca opowieść o granicach odwagi, sile traumy i uporze, który potrafi ocalić, choć nigdy nie daje gwarancji zwycięstwa. To też historia o bolesnej drodze do pogodzenia się z własnym poczuciem winy i stratą oraz o tym, że ciemność nigdy nie znika całkowicie – tak samo jak nadzieja.